Sukob između biskupa RAFE BARIŠIĆA (1797-1863) i franjevačke provincije Bosna Srebrena u istoriografiji je poznat pod imenom Barišićeva afera. Trajao je punih 14 godina, od proljeća 1832. i imenovanja Barišića za apostolskog vikara pa sve do 1846. kada je taj položaj napustio. Rat Barišića i domaćih franjevaca izazvala je njegova namjera da u svojim rukama skoncentriše svu vlast, a samim tim i novac. Bosanski franjevci koji su vijekovima upravljali svojom provincijom posredstvom redovničkog starješinstva, tome su se, naravno, odupirali svom snagom. Kako je tursko carstvo u to vrijeme već bilo na izdisaju, velike sile su sa posebnom pažnjom pratile sva dešavanja na teritoriji pod vlašću sultana. Tako su i u ovu aferu prste umiješali različiti politički faktori iz okruženja. Barišić je uživao podršku Vatikana i Beča, franjevci su pomoć tražili i u Srbiji, a turski zvaničnici godinama su primali mito od sukobljenih strana, da bi konačno podržali franjevce.

Austrijski konzul DIMITRIJE ATANACKOVIĆ kojeg je ministar METERNIH poslao u Bosnu da posreduje u ovom sukobu, izvjestio je Beč u svom prvom pismu da se čitav spor pretvorio u “javni skandal”. Po njegovim riječima, najgore je što se zavađene strane uzajamno optužuju i blate pred turskim vlastima.

A optužbe su zaista pljuštale na sve strane. Bosanski franjevci pisali su da je Barišić “zloban i pohlepan preko svake mjere”.

“U svako doba je spreman kao gladan međed za najesti se prisnog mesa… Više hiljada talira koji su iz Liona poslani, prigrabio je sebi i profijukao… Hercegovačkom veziru ALI-PAŠI RIZVANBEGOVIĆU je ispoklanjao mazge, satove, zdjelice i fildžane od porcelana…Tražio je da se dopusti ženskinju da ulazi u njegove sobe…Neke žene su cunjale po Barišićevu dvoru u Docu pa su onda sklonjene u Banja Luku gdje su postale majke bez očeva…Vikar je u Docu stvorio pozorište od raspusta i trpa grih na grih”.

Barišić im nije ostao dužan. U izvještajima koje je dostavljao Vatikanu nazivao je bosanske franjevce lakomim jereticima koji “gule i globe krstjane, odilom se gizdaju, raspusno život provode, pijančuju i trguju”. Od vjernika je tražio da “gone ove hajduke fratre”.

“Bolje vam je u pojati ili džamiji turskoj Gospu pozdraviti nego ići na njihovu misu. Ne dajte im lemozine (priloge) jer bolje je u duhanu popušiti ili u rakiji popiti nego njima štogod dati!”

Kako to obično biva, sukobljene strane nisu se zadržale samo na uvredama. U samostanu Kraljeva Sutjeska došlo je i do fizičkog obračuna između Barišićeve svite sa jedne i franjevaca i okupljenog naroda s druge strane:

“Puk se zaljulja, poletiše u ti mah ljudi vičući: sadrite s njega sveto ruho da ga mi živa raščupamo! Izrodi se prava buka, začu se jauk, pomaganje, osobito ženske glave počeše jaukat i cičat. Dođe i do gušanja, a neki od protivnika potegoše i noževe da paraju i bodu”.

Nakon silnih peripetija, podmićivanja i vijećanja (Bosna Srebrena je suspendovana 1843), ova čudnovata epizoda bosanske istorije okončana je u martu 1846. godine. Barišić je bio prinuđen da pođe u Carigrad, gdje su se već nalazili ugledni franjevci koji su osigurali podršku bosanskog vezira, ali i turskog diplomate ŠEKIB-EFENDIJE. U dogovoru sa Rimom, Barišić je premješten u Hercegovinu, u novoosnovani vikarijat, gdje je ostao sve do svoje smrti. Papa PIJE X u septembru 1847. rehabilitovao je Bosnu Srebrenu čime je na čitavu aferu konačno stavljena tačka.